Program Studi Kajian Wilayah Jepang berbeda dari studi yang bersifat discipline oriented, seperti antropologi, arkeologi, sosiologi, linguistik, susastra, biologi dan semacamnya yang memusatkan perhatian utamanya pada studi yang berhubungan dengan kedisiplinan ilmunya. Sementara, Studi Kajian Wilayah merupakan suatu bidang studi yang bertitik tolak dari masalah, fenomena konkret yang muncul di ruang dan atau waktu tertentu dalam kesatuan sosial budaya wilayah yang bersangkutan. Dengan gambaran demikian, Program Studi Kajian Wilayah Jepang membahas kesatuan sosial-budaya Jepang sebagai obyek kajian. Dalam konteks Kajian Wilayah Jepang, kajian bertujuan mengangkat masalah, fenomena kongkret yang muncul di ruang dan atau waktu tertentu dalam kesatuan sosial budaya Jepang. Oleh karena itu mahasiswa yang tidak memiliki latar belakang pendidikan S1 kejepangan, sebelum mengikuti kuliah reguler, perlu mendapatkan pengetahuan dasar tentang bahasa, masyarakat, kebudayaan dan geografi Jepang di awal program, yang diselenggarakan dalam bentuk matrikulasi. Prodi mendapat dukungan dari the Japan Foundation dan lembaga lain untuk menghadirkan pengajar tamu dari Jepang, serta menyelenggarakan beasiswa bagi mahasiswa berprestasi dan beasiswa belajar bahasa Jepang di Jepang.